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貨物空運進口航班落地后，一般貨會進入機場一級監管倉庫和bgs倉庫，如果訂艙的時候只簽發了主單，沒有分單，那么最終收貨人的報關代理人就要到上面兩個倉庫去調空運單，這是報關文件之一。
這兩個倉庫如果清點貨物和空運單所承運貨物一致，也就是單貨一致的情況下，在一個海關和監管倉庫共享的系統中錄入主單的艙單信息，這兩個倉庫都位于綜合保稅區內。綜保區的貨物在沒有海關檢疫放行單及電子放行信息的情況下，是無法運出綜保區的。
一級監管倉庫清點完貨物，錄完艙單信息以后，第二步是由各自指定的分撥公司將貨物運至二級監管倉庫，也就是空運單主單上面的收貨人。二級監管倉庫在清點貨物后，向海關系統錄入分單的艙單信息。分單顯示最終收貨人。
這時最終收貨人的報關代理（也就是我們這類清關公司）到二級監管倉庫調取空運單的分單，這時不需要主單，分單是報關文件之一，然后清關公司根據收貨人提供的運單（可以是主單也可以是分單，一定是收貨人顯示為進口單位的運單），箱單，發票，合同及進口貨物的品名，稅號，其他申報要素等信息，在海關系統錄入報關單，發送報關單（可在報關行的辦公室完成）。
然后清關公司將報關單和其他文件一起遞交到海關大廳的申報窗口，由大廳現場人員繼續審核，如無誤，出稅單，報關行持稅單到開戶銀行交稅，也可以網上交稅，交稅成功后，將稅單交回海關核稅，核稅完畢單據轉放行科。如果上述幾個科都沒有批查貨，該批貨物海關就放行。
然后持海關報關申報單，到檢疫進行報檢，在一棟大樓內。（如果是法檢商品，需要先報檢后報關，持檢疫的通關單才能報關）檢疫如果不批查驗。在報關文件的運單上會同時蓋有海關和檢疫的放行章，持該文件到貨物所入的二級監管倉庫提貨，出綜合保稅區。完成整個流程。
注意：
①海關申報任何一個環節，海關均可以要求進行貨物查驗，如果批查，海關的電子查驗數據會傳送到二級監管倉庫，二級監管倉庫會將貨物送到海關查驗倉庫，如果查驗沒問題，貨主可以直接到海關查驗倉庫憑運單的放行章提貨。
②檢疫批查一般要在海關放行以后，持蓋有海關放行章的運單到二級監管倉庫自行提貨，將貨物運到檢疫查驗中心，在海關查驗倉庫對面，由檢疫查驗，無問題后可直接駛出綜保區。如果有問題，檢疫會扣留貨物。
③海關查貨一般會核查所有貨物，主要是看申報是否屬實，品名歸類是否準確，數量是否申報有誤，如果查驗有問題，一般會要求提交說明，解釋歸類的問題，如果仍達不成統一，會退回審單中心重新歸類，涉及補繳稅金額過大的，有可能會轉到緝私科進行處罰。
關于查驗，一般分為查包裝盒查貨
包裝主要是查驗木質包裝有沒有熏蒸標識，防止病蟲害；查貨主要是檢查特殊類商品，活物。我說的都是一般貿易的申報，因為進口有很多種類別，準備的文件不同，程序略有不同，但主要流程大體一致。
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